Заработав в прошлой части приличные деньги, Салем и Риос открыли частную военную компанию, Trans World Operations (сокращенно — TWO). Один из первых заказов заносит героев в Шанхай, где очень некстати случается натуральный армагеддон. Бригада сорокового дня (разработчики намекают на библейский подтекст) совершает масштабный теракт: при помощи динамита и самолетных таранов массово подрывает городские небоскребы, а ее отряды нападают на мирное население. Сами разработчики говорят об Army of Two: The 40th Day как о постапокалиптической игре. С той лишь разницей, что апокалипсис случился буквально пять минут назад.